水源系統設計，口腔診所是醫療及照顧病人的場所，所以衛生清潔及感染控制是水資源系統最需要重視的地方。口腔診所周邊的給水排水設施是診所開設的重要一環。如果水壓太低，可能造成機器設備的損傷。另外，相關社區有無一些排污的法規也應了解。

水源系統可分為給水及排水兩方面：

1.供水管路系統材質應考慮耐蝕性及耐久性材質為佳。冷水管路以不銹鋼管、銅管及PVC塑膠管三種選擇使用。熱水管路則以不銹鋼管或銅管為佳，外圍需包扎保溫材料。

2.排水管路系統口腔診所排水管路材料的選擇需視廢水的種類而定。一般洗手槽排水管、清洗器械排水管、浴室、廚房排水管采用鑄鐵管、PVC塑料管或PE管均可。若是含有化學制劑的廢水，則宜采用抗酸性堿性強的FRP管或PE管作為配管材料。